耶稣在洁净圣殿时行使的权威，激起了祭司和首领们的仇恨。这个不知名的加利利人竟如此大胆，这是不能容忍的。于是决意制止他的工作。但不是所有人都赞同这样做的，尼哥底母也有这样的顾虑。他是犹太国一个位高权重的长官，受过高等教育，才学非凡，在议会中也很受尊敬。在犹太公会的一次议会中，讨论对耶稣应取的方针时，他劝大家要慎重和缓。他恳请大家注意，若耶稣果真赋有上帝所赐的权柄，那么拒绝他的警告是危险的。众祭司不敢轻视这劝告，就暂时没有公开反对耶稣。
尼哥底母虽然拥有财富、学问和声望，奇怪的是，他却被平凡的拿撒勒人耶稣所吸引。耶稣的教训，大大地感动了他，他想多学一点这奇妙的真理，自从听见耶稣讲论之后，尼哥底母就切心研究有关弥赛亚的预言。他同许多其他以色列人一样，看到圣殿中污秽亵渎的情形，心中非常悲痛。当耶稣把做买卖的人赶出圣殿时，他看到了当时的情景：上帝能力的奇妙表现，耶稣怎样接纳穷人，医治病人。他看到这些，就不能怀疑耶稣就是上帝所差来的。
尼哥底母很想与耶稣会晤，但不敢公开去找他。让一个犹太人的官长承认自己同情一位尚未成名的教师，未免太丢面子了。况且，犹太公会若知道他去访问耶稣，必会对他加以蔑视和申斥。他还想，如果公开去访问，别人会效仿；所以他决定暗暗地去见耶稣。他打听到耶稣住的地方，等到夜深人静时，才去找他。
在基督面前，尼哥底母感到一种特别的胆怯，便装作镇静，摆出一副严肃的样子作掩饰，开口说：【约3：2】“拉比，我们知道你是由上帝那里来作师傅的，因为你所行的神迹，若没有上帝同在，无人能行。”他想先恭维基督作师傅的天才和行异迹的神能，来为谈话铺路。耶稣并不领谢他的恭维，却定睛望着他。他看出在他面前的是一个寻求真理的人。他明白尼哥底母的来意。就直截了当并郑重和蔼地说：【约3：3】“我实实在在地告诉你：人若不是从上头生的，（译者按：“从上头生的”系根据英文圣经注释）就不能见上帝的国。”他对尼哥底母说：你所需要的，不是理论知识，而是属灵的更新；不是满足你的好奇心，而是获得一颗新心。你必须从上头得到新的生命，然后才能欣赏天上的事。若不发生这种改变，使一切都化旧为新，你来和我讨论我的权柄或使命，对你的得救不会有任何帮助。
尼哥底母曾听过施洗约翰讲论悔改受洗的道理，以及他向民众指出那将要用圣灵施洗的一位。他自己也觉得犹太人的灵性冷淡，可是施洗约翰的信息，没能使他自觉有罪。尼哥底母是个严格的法利赛人，素以善行自豪，他的乐善好施和对圣殿经费的慷慨捐助，使他深孚众望。他也自认为一定会得蒙上帝喜悦。但想到竟然有个纯洁的国度，是他现在连看都不配看的，这使他感到惊异。
对耶稣所讲重生的比喻，尼哥底母并不陌生。犹太人往往将悔改相信犹太教的异教徒比作初生的婴孩。所以，尼哥底母理应明白耶稣的话不是照字面解释的。然而，因他生来就是以色列人，就自以为必是在上帝国里有份的。他觉得自己无需改变，难怪听到救主的话就惊奇。这些话是那么切合地用在他身上，使他起了反感。法利赛人的骄傲和寻求真理的诚意在他心里发生了矛盾。他希奇基督为什么不尊重他作为以色列官长的地位，而竟这样对他说话。
由于惊奇，尼哥底母就坐不住了，便用满含讽刺的话回答基督说：【约3：4】“人已经老了，如何能重生呢？岂能再进母腹生出来吗？”当锐利的真理刺入良心时，尼哥底母就与众人一样，显出是个不领会上帝圣灵之事的属血气的人，他心中对属灵的事毫无反应。因为惟有属灵的人，才能看透属灵的事。
然而救主不用辩论来对付辩论。他举起手来，以镇定严肃的态度，用更肯定的语气将真理打入尼哥底母的心，【约3：5】耶稣说：“我实实在在地告诉你，人若不是从水和圣灵生的，就不能进上帝的国。”尼哥底母知道，基督所说的是指水的洗礼和上帝的灵使心意更新的事。他感悟到：这对他说话的，就是施洗约翰所预言的那一位。
耶稣接着说：【约3：6】“从肉身生的，就是肉身；从灵生的，就是灵。”人心生来就是恶的，“谁能使洁净之物出于污秽之中呢？无论谁也不能。”（伯14:4）世人的发明决不能为犯罪的心灵找到救法，【罗8:7；太15:19】“原来体贴肉体的，就是与上帝为仇，因为不服上帝的律法，也是不能服。”“从心里发出来的，有恶念、凶杀、奸淫、苟合、偷盗、妄证、谤读 。”人心的泉源必须先行净化，然后才能得出纯洁的溪流。想靠自己守律法的功德来登天的人，是在尝试不可能的事。一个人仅仅拥有严格守法的宗教和敬虔的外貌，是不可靠的。基督徒的人生不是旧生活的修整或改良，而是本性的变化。要对私心和罪恶看自己是死的，随而代之以全新的生活。这种变化，只有靠圣灵的运行才能实现。这里说；基督徒的人生不是旧生活的修整或改良，而是本性的变化。本性是什么？什么叫修整或改良？对此我们要有清晰的认识。先看几处灵感的话语。
上帝在天上的议会中说：“我们要照着我们的形像，按着我们的样式造人，……上帝就照着自己的形像造人”（创1:26, 27）。主造了人的道德和身体的机能。这一切都是祂自己无罪的副本。
为了理解教育工作的意义，我们必须思考人的本性和上帝造人的宗旨。我们还需要考虑到人类的状况因罪恶知识的侵袭而起的变化，以及上帝在教育人类上仍要成就祂光荣旨意的计划。
亚当从创造主手中出来时，在灵、智、体方面都与他的创造主相似。“上帝就照着自己的形像造人”（创1:27）。祂的旨意是人类生存得越久，就越充分地反映祂的形像，反映创造主的荣耀。他的一切天赋都会得到发展。他的才能与活力也会不断增加。
在人类所从事的工作中，最需要关心和智慧的，莫过于适当训练和教育青少年及儿童了。我们在幼年时期所受的影响是最有力有效的。……人的本性是三重的，所罗门所嘱咐的教养，包括体力、智力和道德力的正确发育。
总结以上我们可以看到；本性 = 道德机能 + 身体机能，更进一步的说是指；灵、智、体（体力、智力和道德力），我们再看下面的话语。
人类在外貌和品格上都赋有上帝的形象。惟有基督是天父“本体的真像”(来1:3)。但人类是“照着上帝的形象”造的。他的性情是与上帝的旨意符合的。他的心智能领会天上的事。他的爱情是纯洁的；他的爱好和感情都受理智的支配。他赋有上帝的形象并完全顺从祂的旨意，所以他是圣洁而幸福的。这里说亚当原是照着上帝的形像而造，他在外貌和品格上都赋有上帝的形像，他具有完美的道德和身体的机能，能与上帝交往。换句话说，他具有无罪、纯洁、无玷污的圣洁本性，他的本性与上帝的旨意和谐。具体地说，他的心智能领会上帝的事，他的理智支配着食欲和情感，他的爱情也是纯洁的，他的意志完全顺从上帝的旨意。他是圣洁而幸福的。简而言之，亚当受造的时候是无罪（圣洁）的，备有圣洁的本性。无罪，是指无罪的本性。即：（良心、理智、意志）高等机能管理（情感、欲望、爱好）低级机能。高尚的品格决非由于幸致；也不是出自上帝特别的眷爱或赋予。它乃是由于律己，使较低的本性顺服较高的本性，并献上自己而为上帝和人类服务的结果。亚当受造纯洁无邪，没有丝毫罪的痕迹，具备圣洁的本性，但他有堕落的可能性，他也确实因听从仇敌的暗示而跌倒了，他因犯罪而堕落了。堕落是什么意思呢？亚当夏娃犯罪之后，他们的本性因罪而败坏了。本性败坏了，就与上帝隔绝了，没有了顺从上帝的能力、性情或倾向。并且亚当的每个后代都继承了堕落的本性。
以上说到本性是指身体和道德机能（灵、智、体—良心、理智、意志、情感、欲望、爱好）。说到本性败坏或堕落是什么意思呢？来看以下的话语；
罪恶不仅使我们与上帝隔绝，而且摧毁了人心灵中认识上帝的愿望和能力。基督的使命就是要除灭这一切罪恶的作为。祂有能力激发并恢复因罪而麻痹的心灵，昏暗的心智和堕落的意志。祂向我们展示宇宙的一切财富，并藉着祂赐给我们识别和使用这些财宝的能力。食欲、情欲和炫耀之欲，使许多人陷于极大的浪费和奢侈之中。试探到处存在，不但来自恶习，也来自我们国家的家庭。我们的餐桌摆满了无视健康或道德，放纵扭曲的食欲，危害体力和智力的食物。
我们来做个总结：圣洁的本性：心智领会上帝的事，理智支配着食欲和情感，意志完全顺从上帝的旨意。高等机能管理低级机能。【雅3：17】惟独从上头来的智慧，先是清洁，后是和平，温良柔顺，满有怜悯，多结善果。结果就是仁爱、喜乐、和平、忍耐、恩慈、良善、信实、温柔、节制。
堕落（败坏）的本性：麻痹的良心，昏暗的心智、堕落的意志。扭曲、变态的情感、欲望和爱好。高等机能和低级机能紊乱了。其结果就是奸淫、污秽、邪荡、拜偶像、邪术、仇恨、争竞、忌恨、恼怒、结党、纷争、异端、 嫉妒、醉酒、荒宴等。
这样的本性必须改变。改变不是说我们的手、眼睛、舌头、牙齿发生改变，我们说什么话，听什么歌曲，看什么样的书籍，不是由眼睛、嘴巴、耳朵来决定的，而是由本性中的意志来决定。在人的本性中，意志起着支配的作用——在人的本性中，意志起着支配的作用，（选择权、决定权）其他一切官能都受它左右。意志不是兴趣爱好，它是一种决定的力量，在人心中运行，使他们顺从或背逆上帝。从前我们不认识主的时候，是罪的奴仆，我们的意志是一直献给撒旦的。一切行动的泉源——你的意志是你一切行动的泉源。意志是人塑造品格的重要因素，可是它在人堕落时竟被交给撒但控制了；从此他一直在人心中工作，叫人立志行事都照着他的意思，结果造成了人类的完全毁灭和不幸。（图）
现在因着十字架的恩典，耶稣的救赎之爱，唤醒我们因罪而麻痹的良心，《圣经》中的诫命、律例典章使我们昏暗的心智变得清晰起来，我们知道了从前是如此的蒙昧无知，以光为暗，以暗为光，于是决定不再侍奉撒旦，而将意志献给主，侍奉主。我们在上面看到了说基督徒的人生不是旧生活的修整或改良，而是本性的变化。也明白了本性的变化是指良心、理智的恢复，以及情感、欲望、爱好的完全改变，那我们是怎么知道的呢？
我认识一位姊妹，她在没有接受现代真理以前，是开餐厅的，很爱吃各样美食，特别对“重庆酸菜鱼”情有独钟。当现代真理临到她的时候，她欣然接受，饮食改革的亮光也没有拒绝。她放弃了一切的肉食（是因为知道现今的肉食不安全），遵守安息日，也过乡村生活。照这样看来，这位姊妹是不是很顺服啊？是的。但是大家知道吗？这位姊妹放弃了吃“重庆酸菜鱼”，但她对“重庆酸菜鱼”的味道仍旧念念不忘，常常做“重庆酸菜豆腐”。接受饮食改革是因为觉得这样吃身体会健康些，其实这个姊妹在食欲（欲望）这一块，并没有完全改变。还有一位姊妹是教会的指导者，她非常的克己，热爱真理，每天早晨坚持灵修，也按着健康八大要素生活，也不贪恋华美的衣服、首饰。在人看来应该是非常的虔诚了。她也精通“预言之灵”，如果你需要查考什么内容，她很快会帮你查到。可是有一点，当有人对她所讲的提出一点异议时，她就会变脸色，甚至与人发生争执，容不得别人有半点看法，时间久了别人也就敬而远之。
弟兄姊妹！以上两个例证在说明什么？旧生活的修整或改良。理智上的认可不代表就是悔改了。很多基督徒能从大自然和《圣经》中看到上帝的作为，也知道耶稣的道成肉身，在生活和行事为人上也作了部分改革，他们献上了百分之九十九，但是保留了百分之一。所以灵感的话语说；他们几乎是基督徒，但不完全是基督徒。他们看上去离天国很近，但是不能进去。几乎得救而没有完全得救，所意味的不是几乎灭亡，而是完全灭亡了。很多人听到这里可能会灰心，也会像当初的门徒一样说“这样谁能得救呢？”。然而上帝说；“在人这是不能的，在上帝凡事都能。”这话大家相信吗?如果人性与神性联合就必然能得救。
风来树动，枝叶沙沙作响，这是人听得见的，但看不见风的形状，也不知道它从哪里来，往哪里去。圣灵在人心中的运行也如此。人不能解释圣灵的行动，正如不能解释风的行动一样。一个人或许不能说出悔改的确切时间或地点，也不能追溯悔改过程的全部情况。但这并不能证明他没有悔改。藉着一种像风那样看不见的能力，基督时时刻刻都在人心中作工。受惠的人也许完全不觉得，而这种能力却渐渐潜移默化，引人归向基督。这样的感化也许是从默想耶稣，或查考圣经，或听传道人的讲论而来的。及至圣灵来作更直接的呼唤时，心灵便豁然开朗，快乐地归顺基督了。许多人称之为顿悔。殊不知这是上帝的灵长久熏陶的结果，一种持久忍耐的过程。
风虽不能见，但其效果是看得见、摸得着的。照样，圣灵在人心中作工，人感受到其拯救功能之后，就必在其行动上表现出来。上帝的灵住在人心里，就能改变人的整个生活。罪恶的思想丢开了，不良的行为抛弃了；仁爱、谦让及和平，代替了愤怒、嫉妒与纷争；忧愁变成了喜乐，容貌也反映出天上的光辉。虽然没有人看到上帝为人卸下重担，也没有人见到从天上射下的光芒，但人因信投靠上帝时，恩惠、福气就临到他了。如此，人眼所看不见的能力，就按上帝的形像造出一个新人。
人类有限的智力无法领会救赎的大工。其奥秘超出人的智能以外。然而一个出死入生的人，却能体会到这是神能的事实。救赎之工的开端，我们能从今生的个人经历中体验，而救赎之工的成果，将延续到永远。【约3：8】风随着意思吹，你听见风的响声，却不晓得从哪里来，往哪里去；凡从圣灵生的，也是如此。”
耶稣正说话的时候，圣灵温良驯服的影响感动了尼哥底母。但他还没完全领悟救主的话。他所注意到的是重生的方法，而不是重生的必要。故此他诧异地问道：【约3：9-10】“怎能有这事呢？”耶稣问他：“你是以色列人的先生，还不明白这事吗？”身负民间宗教导师之责的人，实在不应该在这么重要的真理上毫无所知。耶稣的话中有训戒，就是说，尼哥底母不该因平实的真理之言而反感，却应为自己属灵的愚昧而惭愧。但基督讲话的态度是那么严肃、郑重，而声调和神色表露的是那么的诚恳，以致尼哥底母虽然感到自惭形秽，却不认为耶稣冒犯了他。
当耶稣说明自己的使命是要建立一个属灵的而不是属世的国度时，尼哥底母心中又感到不安了。耶稣看出了他的心情，就接着说：【约3：12】“我对你们说地上的事，你们尚且不信，若说天上的事，如何能信呢？”如果尼哥底母不能领会基督解释上帝恩典在人心中作工的教训，又怎能明了他荣耀天国的性质呢？他既不了解基督在地上工作的性质，当然就不能明白他在天上的工作了。
犹太人，自称是亚伯拉罕的子孙。他们固然勤于保持圣洁的外表，却忽略了内心的圣洁。以色列人对重生之道的盲目，是无可推诿的。以赛亚受圣灵感动写道：“我们都像不洁净的人，所有的义都像污秽的衣服。”大卫曾祈祷说：“上帝啊，求你为我造清洁的心，使我里面重新有正直的灵。”上帝也曾藉以西结应许说：“我也要赐给你们一个新心，将新灵放在你们里面。又从你们的肉体中除掉石心，赐给你们肉心。我必将我的灵放在你们里面，使你们顺从我的律例，谨守遵行我的典章。”（赛64:6；诗51:10；结36:26,27）
尼哥底母从前读这些经文，好像雾里看花，一知半解，现在才开始领会其中的真谛。他看出：单在外表严格顺从律法的字句，不能使人具有进天国的资格。依照人的看法，他可称得上是个正人君子。但在基督面前，他发觉自己的心是污秽的，自己的生活是不圣洁的。这时，尼哥底母渐渐被基督吸引了。救主向他解释重生之道，他就渴望自己心中能发生这种改变，但用什么方法来成就呢？耶稣回答了他这未发出的问题：【约3：14-15】“摩西在旷野怎样举蛇，人子也必照样被举起来，叫一切信他的都得永生。”
尼哥底母对这件事是熟悉的。那被举起来之蛇的象征向他说明了救主的使命。当以色列民被火蛇咬伤，将要丧命时，上帝吩咐摩西造一铜蛇高高举起，然后向全营宣告：凡被咬的，一望这蛇就必得活。众人知道铜蛇本身没什么力量帮助他们。它原是基督的象征。被举起的既是火蛇的像，照样，有一位要“成为罪身的形状”来做他们的救赎主（罗8:3）。许多以色列人以为献祭之礼本身就有使他们从罪中得释放的功能。上帝却要他们知道，这种礼节像铜蛇一样，本身毫无价值。其目的是要引领他们转向救主。除了信靠上帝的独生子之外，他们不能为自己做什么。必须仰望基督才能得生。
被蛇咬的人，或许因迟疑而不仰望；或许要问，这条铜蛇怎会有救人的效能呢？要作科学的解释。但没有解释，他们必须接受上帝藉摩西所吩咐他们的话。拒绝仰望，就必灭亡。心灵得到启发，不是由于争辩和讨论。我们必须仰望才能得生。尼哥底母领受了这教训，存记在心。从此，他就用新的方法来查考圣经，不再是为了学理上的讨论，而是为要使心灵得到生命。他顺服了圣灵的引导，就开始得见天国了。
现今有千千万万的人，需要学习那举起的铜蛇所教导给尼哥底母的真理。他们想靠顺从上帝的律法来获得上帝的恩宠。当有人教他们仰望耶稣，并相信惟有靠他的恩典才能得救时，他们就惊呼：“怎能有这事呢？”我们必须像尼哥底母一样，甘愿按照罪魁进入新生的方式来进入新生。除了基督之外，别无拯救。“因为在天下人间，没有赐下别的名，我们可以靠着得救。”（徒4:12） 我们因信而领受上帝的恩典，但信心不是我们的救主，它不能赚得什么。信心是我们用来握住基督的一只手，用以领取他的功劳，就是医治罪恶之方。信心是使人性与神性联合的媒介。若没有上帝的灵来帮助，自己连悔改也难以做到。圣经论到基督说：【徒5：31】“上帝且用右手将他高举，叫他作君王、作救主，将悔改的心和赦罪的恩赐给以色列人。”悔改的心和赦罪的恩，同样都是基督所赐的。
那么，怎样才能得救呢？“摩西在旷野怎样举蛇，”人子也照样被举起来，使一切被那蛇咬伤的人，都可以仰望得生。“看哪，上帝的羔羊，除去世人罪孽的。”（约1:29）从十字架上发出的光，显明了上帝的爱。他的爱吸引我们来就他。只要我们不抗拒这种吸引，自然就会来到十字架下，悔改我们那钉死了救主的罪。于是，因着信，上帝的灵就在我们心中产生新的生命。我们的思想愿望，便会顺从基督的旨意，我们的心思意念也要在我们里面，按那叫万有归服自己的大能者的形象而变得焕然一新了。于是，上帝的律法就必写在我们的心版上和意念中，我们就能和基督一同说：“我的上帝啊，我乐意照你的旨意行。”（诗40:8）
耶稣在与尼哥底母会谈时，揭示了救恩的计划和他降世的使命。尼哥底母将这真理藏在心中，历三年之久，没有一点明显的效果。然而，耶稣知道他的种子是撒在何等的土壤里。那天夜里的谈话没有落空。尼哥底母虽然没有立时公开承认基督，但他时时留心耶稣的为人，揣摩他的教训。在公会中，他屡次打消祭司们杀害耶稣的计谋。到末后，耶稣在十字架上被举起来时，尼哥底母就想起耶稣曾经对他说过的话：“摩西在旷野怎样举蛇，人子也必照样被举起来，叫一切信他的都得永生。”这话照亮了髑髅地的十字架，尼哥底母就明白：耶稣是世人的救赎主。
救主升天之后，当门徒因遭逼迫而分散时，尼哥底母毅然挺身而出。在基督死后，他用自己的财富维持了幼小的教会。在危难之时，他竟成了坚固的磐石，时时鼓励门徒的信心，供给他们传福音的经费。先前尊敬他的人，现在反过来蔑视他迫害他了。然而，那晚与耶稣谈话时所生发的信心，却一点没有动摇。尼哥底母把那次与耶稣会谈的情形告诉了使徒约翰，由约翰笔录下来，垂训后世。其中的真理，在今天，与当夜这位犹太官长去向卑微的加利利教师求问生命之道时一样重要。
人心自然的、遗传的、和后天养成的各种倾向的改变，就是耶稣对尼哥底母说到的那种改变，祂说：“人若不重生，就不能见（看出）上帝的国”（约3:3）。——(保尔森选集1895年9月)
我们藉着内心的改变而成为上帝的儿女，这在圣经中称为重生，又被比作农夫所撒之良种的萌芽（图）。新悔改归向基督的人，如同才生的婴孩，在基督耶稣里“渐长”成人（彼前2:2；弗4:15），又如同下土的良种逐渐生长结实。
当上帝的灵控制心思和意念时，重生的人便会突然发声唱出新歌来；他“既因信称义，就藉着我们的主耶稣基督，得与上帝相和。”（罗5:1）但一个基督徒决不应因他具有这样的经验，就此抱残守缺，而以自己原有的成就为足。因为凡已决心要进入属灵之国的人必要发现未经重生之本性（重生之前）的一切能力与情感，在黑暗国度之势力的支援下，都是和他对阵为敌的。他必须每天重新献身，每天与罪恶搏斗。旧有的习惯，与生俱来的行错倾向，必要挣扎争胜，所以他必须时常谨防这些事，并靠基督的力量争取胜利。